De précieuses sculptures et peintures des XVe et XVIe siècles, d'importants tableaux des XVIIe et XVIIIe siècles,ainsi que des oeuvres des écoles régionales de peinture constituent le cœur des collections d'art. Le musée conserve également une œuvre unique de Camille Claudel, Le Psaume (1889), et l'importante donation Alfred Manessier (1911 - 1993). La section archéologique témoigne du passé de la région de la Préhistoire à l'époque mérovingienne, mais aussi de l'Antiquité dans le bassin méditerranéen, tandis que le fonds d’histoire naturelle présente une riche collection d'oiseaux, dont certains spécimens datent de la première moitié du XIXe siècle. Le musée Boucher-de-Perthes présente ainsi des collections riches et variées que vous pouvez découvrir au sein des salles d'expositions installées dans les bâtiments datant des années 1950 mais également dans l'ancienne trésorerie du XVe siècle et dans le beffroi du début du XIIIe siècle.